农村90年代二层楼房的翻新改造是一项复杂但具有极高价值的工程。考虑到房屋的年代和原始结构，改造过程需要特别谨慎，以确保安全和实用性。以下是一些建议的翻新改造步骤和要点：

1、安全评估与结构加固：首先，对二层楼房进行全面的安全评估，特别是检查地基、承重墙和梁柱等关键结构部分。如果发现结构问题，应及时进行加固处理，确保改造过程中的安全。

2、功能规划与布局调整：根据现代生活的需求和家庭成员的实际情况，重新规划房屋的功能布局。例如，可以调整卧室、客厅、厨房和卫生间的位置和大小，以更好地满足日常使用需求。

3、外墙翻新与保温处理：对于外墙，可以进行清洗、修补和涂料处理，使其焕然一新。同时，可以考虑增加保温层，提高房屋的保温性能，降低能耗。

4、门窗更换与节能改造：更换老旧、不节能的门窗，选择断桥铝或塑钢等节能型门窗。此外，还可以考虑安装双层玻璃窗或中空玻璃窗，进一步提高保温和隔音效果。

5、室内空间优化与重装：根据新的功能布局，对室内空间进行重装。可以重新粉刷墙面、更换地板、安装吊顶等。同时，可以选择现代、简约或中式等风格进行装饰，提升房屋的整体美观度。

6、厨房与卫生间改造：厨房和卫生间是房屋中使用频率较高的区域，因此需要进行重点改造。可以更换橱柜、灶具、洁具等设备，提高使用的舒适性和便捷性。

7、水电改造与安全防护：对原有的水电线路进行检查和改造，确保用电安全和用水便利。同时，可以安装烟雾报警器、燃气报警器等安全防护设备，提高房屋的安全性。

8、环保材料与节能设备：在改造过程中，应尽量使用环保材料，减少对环境的影响。同时，可以考虑安装太阳能热水器、节能灯具等节能设备，降低能源消耗。

在进行翻新改造时，建议与专业的设计师和施工团队进行沟通，确保改造方案的可行性和安全性。同时，要注意施工过程中的安全管理，避免发生意外事故。最后，通过精心的设计和施工，您可以让农村的90年代二层楼房焕发出新的生机和活力。